Buena pregunta, porque el control cambia según el grupo.
Las más comunes en entornos urbanos y comerciales son: la mosca doméstica (la típica, se cría en basura y materia orgánica húmeda); las moscas de la fruta (Drosophila, diminutas y de ojos rojos, en fruta madura, jugos derramados, barras y cocinas); las moscas del drenaje (Psychodidae, peludas y de alas en forma de corazón, que descansan en la pared junto a coladeras y se crían en la biopelícula de las cañerías); las moscas fóridas (Phoridae, que corren en vez de volar y delatan materia orgánica oculta, drenajes rotos o filtraciones, típicas en plantas de alimentos); y las moscas metálicas o de la carne (Calliphoridae y Sarcophagidae, verdes o azules brillantes, que aparecen ante restos cárnicos o animales en descomposición).
Identificar cuál es lo primero: cada una vive de algo distinto.